Pierwsze wzmianki o założeniu na naszym terenie polskiej szkoły pochodzą z 1904 r. Celem jej działalności była walka z rusyfikacją. W 1915 r. z inicjatywy miejscowego księdza proboszcza J. Rukasza powstała tzw. ochronka, do której uczęszczało około 100 dzieci. W 1917 r. ochronka przekształciła się w prawdziwą szkołę, a w 1918 r. przeszła pod zarząd władz polskich. W roku szkolnym 1921/22 zajęcia odbywały się w „Murowance”, gdzie uczyło się ok. 120 uczniów. Kolejne lata to dalszy rozwój tej placówki. W 1925 dzięki pomocy dziedzica Przemysława Kleniewskiego dokonano remontu budynku szkolnego i przekształcono w trzyklasową szkołę. Już w następnym roku szkoła jest czteroklasowa i pracuje w niej pięciu nauczycieli, a uczy się 220 uczniów. Od 1927 r. jest to szkoła siedmioklasowa. W tym też roku rozpoczął pracę we Wrzelowcu Franciszek Walasek, który był inicjatorem budowy szkoły w Kluczkowicach.
Projekt dwupiętrowego budynku szkolnego i Domu Nauczyciela dla dziewięciu rodzin opracował architekt z Lublina B. Krausse. Przed wybuchem wojny w 1939 r. budynek w stanie surowym został pokryty blachą, a nauka odbywała się w tym czasie we Wrzelowcu i Kluczkowicach. Gdy w 1941 r. władze okupacyjne zakazały nauczania dzieci, rozpoczęła swoją działalność Tajna Organizacja Nauczycielska, którą kierował Franciszek Walasek. Działania wojenne nie zniszczyły budynku i po wojnie można było przystąpić do jego wykończenia. Do 1948 r. trwały prace wykończeniowe czterech pomieszczeń na parterze budynku. Wtedy przeniesiono wyposażenie z budynku we Wrzelowcu do budynku szkoły w Kluczkowicach i rozpoczęto zajęcia w nowych klasach. Funkcję kierownika objął Józef Chełchowski. Liczba uczniów wyniosła ok. 350. Kolejne lata to usilna praca nad wykończeniem pozostałych pięter. Do 1965 r. dokonano całkowitego wykończenia wnętrza budynku wraz z klatką schodową, zorganizowano pracownie fizyko – chemiczną, biologiczną, zajęć praktyczno – technicznych, wyposażono sale w stoliki i pomoce naukowe.
W 1974 r. szkołę podstawową przekształcono w Zbiorczą Szkołę Gminną w Kluczkowicach, do której dowożeni są uczniowie z Wandalina i Ćwiętalki. Funkcję dyrektora objął Jan Zarębski, a następnie Józef Chełchowski. W 1975 r. dyrektorem był mgr Marian Nader. Od 1976 r. szkoła została przekształcona w Zbiorczą Szkołę w Kluczkowicach z punktami filialnymi w Ćwiętalce i Wandalinie. Funkcje dyrektora pełniła mgr Gizela Zaręba. Od 1985 r. dyrektorem była mgr Teresa Salwerowicz. W takiej formie organizacyjnej szkoła funkcjonowała do 1998 r. Od tego roku punkt filialny w Ćwiętalce został integralną częścią Szkoły Podstawowej w Kluczkowicach.
W 1999 r. powstał Zespół Szkół w Kluczkowicach, w skład którego wchodzi Szkoła Podstawowa i Gimnazjum. Zespół dysponuje dwoma budynkami: w Ćwiętalce, gdzie uczą się dzieci klas I – III i oddziału przedszkolnego, a w Kluczkowicach zajęcia mają uczniowie klas IV – VI Szkoły Podstawowej i I – III Gimnazjum. W 2001 r. rozpoczęto budowę hali sportowej, a w 2002 r. nastąpiło wmurowanie aktu erekcyjnego. Od 1 września 2003 r. funkcję dyrektora szkoły pełniła mgr Anna Madej. 14 października 2004 r. oddano do użytku halę sportową. 24 października 2011 r. odbyła się uroczystość nadania imienia bł. Jana Pawła II oraz nadania sztandaru Szkole Podstawowej i Gimnazjum w Kluczkowicach.
Z dniem 1 września 2014 roku w Zespole Szkół w Kluczkowicach (budynek w Ćwiętalce) zostały utworzone przedszkolne oddziały specjalne dla dzieci z autyzmem. W roku szkolny 2015/2016 powstał przedszkolny oddział integracyjny, a w roku następnym również klasa integracyjna. Od 1 września 2018 r. funkcję dyrektora szkoły pełni mgr Leszek Goliszek.
W kolejnych latach funkcję kierownika i dyrektora pełnili:
1919 – 1927 Młotkówna Michalina – kierownik
1923 – 1924 Grabowska Marja – kierownik
1924 – 1926 Teter Stanisław – kierownik
1925 – 1927 Czekajski Jan – kierownik
1927 – 1929 / 1930 – 1932 Rukasz Aleksander – kierownik
1929 – 1930 / 1932 – 1943 Walasek Franciszek – kierownik
1943 -1945 Laskowski Marceli – kierownik
1945 – 1948 Bara Feliks – kierownik
1948 – 1951 / 1952 – 1972 Chełchowski Józef – kierownik
1951 – 1952 Chełchowska Jadwiga – kierownik
1972 – 1974 Chełchowski Józef – dyrektor
1974 – 1975 Zarębski Jan – dyrektor
1974 – 1975 Chełchowski Józef – z-ca dyrektora
1975 – 1976 Nader Marian – dyrektor
1975 – 1976 Zarębski Jan – z-ca dyrektora
1976 – 1985 Zaręba Gizela – dyrektor
1976 – 1985 Mazur Maria – z-ca dyrektora
1977 – 1981 Lankamer Marta – kierownik punktu filialnego w Wandalinie
1977 – 1996 Nader Barbara – kierownik punktu filialnego w Ćwiętalce
1981 – 1984 / 1989 – 1994 Stefaniak Alfreda- kierownik punktu filialnego w Wandalinie
1984 – 1989 Łakota Barbara – kierownik punktu filialnego w Wandalinie
1985 – 1999 Salwerowicz Teresa – dyrektor Szkoły Podstawowej
1990 – 1999 Łakota Barbara – z-ca dyrektora Szkoły Podstawowej
1999 – 2003 Salwerowicz Teresa – dyrektor Zespołu Szkół
1999 – 2003 Łakota Barbara – z-ca dyrektora Zespołu Szkół
2003 – 2018 Madej Anna – dyrektor Zespołu Szkół
2004 – 2018 Ułanowska Jadwiga – z-ca dyrektora Zespołu Szkół
2017 – 2018 Jóźwicka Elżbieta – z-ca dyrektora Szkoły Podstawowej
Od 2018 – Goliszek Leszek – dyrektor Szkoły Podstawowej
Od 2018 – Pietras Ewa – z-ca dyrektora Szkoły Podstawowej